Dienstag, 04.07.2006

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EU-Förderung für die rechnergestützte Erforschung von Autoimmunkrankheiten

Lübecker Institut für Neuro- und Bioinformatik entwickelt das Grid-Computing weiter

Die Universität zu Lübeck erhält von der Europäischen Union (EU) eine Förderung für die Weiterentwicklung des Grid-Computing. Darunter versteht man das wissenschaftliche Rechnen auf Tausenden von Computern vieler Universitäten und Forschungseinrichtungen in Europa.

Im Rahmen des Projekts "KnowARC" bekommt das Lübecker Institut für Neuro- und Bioinformatik (Direktor Prof. Dr. Thomas Martinetz) 260.000 Euro, verteilt auf drei Jahre, für die Anwendung der Technologie bei der Erforschung von Autoimmunerkrankungen.

Das Grid (engl. für Netz oder Gitter) bezeichnet einen Verbund von Rechnern über die Grenzen der teilnehmenden Institution hinweg. Forschergruppen können somit ihre Auswertungen auf einer Vielzahl von Computern gleichzeitig durchführen und sind nicht auf die lokalen Möglichkeiten beschränkt. Sowohl Rechenlast als auch Speicherkapazität lassen sich durch ein Grid verteilen. Routine ist diese Technologie in der experimentellen Physik des europäischen Institutes CERN in Genf. Die EU unterstützt Vorhaben, diese Technologie auch auf weitere Forschungsgebiete anzuwenden.

Das EU-Projekt "KnowARC" hat ein Gesamtvolumen von 2,9 Millionen Euro und wird koordiniert von den Kernphysikern aus Lund (Schweden) und Oslo (Norwegen), die sich durch die Entwicklung Grid-Infrastrukur des NorduGrid hervorgetan haben. Weitere Partner kommen aus Budapest (Ungarn), Kosice (Slowakei), Genf (Schweiz), Kopenhagen (Dänemark), Uppsala (Schweden), Tübingen und Lübeck. Das von Dr. Steffen Möller am Lübecker Institut für Neuro- und Bioinformatik (INB) geleitete Teilprojekt befasst sich sowohl mit technischen Erweiterungen des Grids als auch mit dessen Nutzung in neuen biomedizinischen Anwendungen.

Für Lübeck stellt sich die Aufgabe, die installierten Programme den im Grid geforderten Aufgaben dynamisch anzupassen. Damit wird dann auch die Einbindung des Grids für die Modellierung von Arbeitsabläufen (Workflows) in der Bioinformatik erleichtert. Mit diesen Erweiterungen bereitet Lübeck eine gesamtheitliche Auswertung von Daten vor, wie sie bei der Untersuchung von komplexen Krankheiten (etwa Herz- und Autoimmunerkrankungen) mit Methoden der statistischen Genetik anfallen.

Es werden hierbei Sequenz-Variationen der DNA mit beobachteten Abweichungen der Genexpressionshöhe bei Patienten auf eine Korrelation hin untersucht. Über die Workflow-Technologien werden öffentliche Datenbanken hinzugezogen für die Bestimmung erster Arbeitshypothesen zur Eingrenzung von Stoffwechselprozessen, die für die jeweilige Krankheit verantwortlich sein könnten.